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🧬 Biology/생물정보학 알고리즘2

k-mer로 패턴 빈도 구하기 Goal 1. K-mer란? 2. K-mer로 서열 패턴 빈도 구하기 K-mer란? 생물정보학에서 k-mer라는 말을 흔히 들어 볼 수 있다. K-mer란 쉽게 얘기해서 k 숫자만큼 길이를 가진 서열을 얘기한다. 예를 들어 3-mer라면 3 bp 길이를 가진 "ATA", "ATT", "GCT", "AGT" 등 3개의 염기로 이루어진 DNA 서열 같은걸 얘기하는 것이다. K-mer로 패턴 빈도 구하기 문제 DNA 복제를 시작하는 시점을 origin of replication, 즉 ori 라고 부른다. Vibrio cholerae라는 균의 ori 서열은 아래와 같다. atcaatgatcaacgtaagcttctaagcatgatcaaggtgctcacacagtttatccacaacctgagtggatgacatcaag.. 2023. 6. 14.

니들만-브니쉬(분쉬) 알고리즘 (Needleman-Wunsch) Goal 1. 니들만-브니쉬 알고리즘이란? 2. 니들만-브니쉬 알고리즘 알아보기 니들만-브니쉬 알고리즘이란? 두개의 DNA나 단백질 서열이 있을 때 sequence alignment를 하기 위한 알고리즘이다. Alignment란 쉽게 말해서 두 서열이 어떤 부분에 매치가 되고 어떤 부분엔 매치가 안 되는지 보여주는 것이다. 예를 들어 ATGCA와 ATCG를 align 한다면 아래와 같이 정렬할 수 있다. ATGCA AT-CG 최대한 매치되는 부분을 맞추고 매치가 되지 않는 부분은 하이픈(-)으로 표시하며 이걸 "gap"이라 부른다. 이런식으로 두 서열이 매치가 얼마나 잘 됐는지 판단하는 기준으로 alignment score를 사용하게 되는데 매치가 되면 플러스 값을 부여하고 매치가 되지 않거나 gap이 .. 2023. 6. 14.

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