[ROSALIND] GC 비율

문제 (풀어보기)

GC 비율이란 DNA 염기서열 전체 중 'G'와 'C'가 차지하는 비율이다.
최대 10개의 DNA 서열이 주어졌을 때, 가장 높은 GC 비율을 가진 서열의 이름과 GC 비율(%)을 구하시오.

예시

>Rosalind_6404
CCTGCGGAAGATCGGCACTAGAATAGCCAGAACCGTTTCTCTGAGGCTTCCGGCCTTCCC
TCCCACTAATAATTCTGAGG
>Rosalind_5959
CCATCGGTAGCGCATCCTTAGTCCAATTAAGTCCCTATCCAGGCGCTCCGCCGAAGGTCT
ATATCCATTTGTCAGCAGACACGC
>Rosalind_0808
CCACCCTCGTGGTATGGCTAGGCATTCAGGAACCGGAGAACGCTTCAGACCAGCCCGGAC
TGGGAACCTGCGGGCAGTAGGTGGAAT

예상 결과

Rosalind_0808
60.919540

 

해결

from Bio import SeqIO

max_gc = 0
max_gc_id = ""
for record in SeqIO.parse("rosalind_gc.txt", "fasta"):
    id, seq = record.id, record.seq.upper()
    gc_content = (seq.count('G') + seq.count('C')) / len(seq) *100      # GC(seq)
    if gc_content > max_gc:
        max_gc_id = id
        max_gc = gc_content

print(max_gc_id)
print(max_gc)

파이썬에서는 SeqIO 라이브러리를 사용하면 Fasta 파일을 쉽게 읽어들일 수 있다.

Fasta 파일이란 위의 예시와 같이 다음과 같은 형식으로 된 것을 알 수 있다.

>DNA서열이름1
DNA서열이름1의 염기서열
>DNA서열이름2
DNA서열이름2의 염기서열
>DNA서열이름3
DNA서열이름3의 염기서열

'>' 다음으로는 서열의 이름이 먼저 나오고, 그 다음 줄에는 해당하는 서열이 나온다.

 

GC 비율이란 DNA의 전체 길이에서 G와 C의 개수의 비율을 구한 것이다.