[ROSALIND] 단백질 질량 구하기

문제 설명

단백질은 아미노산(amino acid)으로 이루어져 있다. 아미노산이 2개 합쳐질 때 peptide bond가 형성 되는데 이 때 물 분자(H2O) 하나가 빠지게 된다. 이렇게 여러 아미노산이 연결된 것을 polypeptide라 부르고, n개 아미노산이 연결되었다면 n-1개의 물 분자가 빠진 것이다. Polypeptide의 양쪽 끝에는 다른 아미노산과 결합되지 않았기 때문에 하나의 물 분자가 남아있다고 볼 수 있다. 즉, polypeptide의 질량는 각 residue(물 분자가 빠진 아미노산)의 개별 질량와 물 분자 1개(물 분자의 monoisotopic mass는 18.01056 Da이)의 질량으로 계산할 수 있다.

아미노산 2개를결합한 peptide

아미노산의 질량을 계산할 때 monoisotopic mass를 이용하는데 이것은 각 분자(molecule)를 구성하는 원자(atom)들의 가장 흔한 동위원소의 평균 질량이다. Monoisotopic mass의 기준 단위는 dalton (Da; carbon-12 질량의 1/12 되는 단위)이다. 

하지만 이번 문제와 같이 ROSALIND에서 monoisotopic mass를 이용하는 문제들은 물 분자 1개의 질량을 더하는 것은 무시하고 진행한다.

 

문제 (Calculating Protein Mass)

각 아미노산의 monoisotopic mass가 주어졌을 때 주어진 단백질 서열의 질량을 출력하시오.

aa_mass.txt

0.00MB

예시

SKADYEK

예상 결과

821.392

 

해결

aa_mass = {}
with open("aa_mass.txt", "r") as file:
    lines = file.readlines()

    for line in lines:
        aa, mass = line.strip().split()
        aa_mass[aa] = float(mass)
    
def calc_mass(s):
    total_mass = 0
    for aa in s:
        total_mass += aa_mass[aa]
    
    return total_mass

with open("rosalind_prtm.txt", "r") as f:
    protein = f.readlines()[0].strip()
    print(calc_mass(protein))