[ROSALIND] DNA 서열에서 motif 찾기

문제 설명

서로 다른 종의 유전체에서 공통적으로 가진 DNA 서열이 발견된다면 이 서열은 두 종에서 모두 비슷한 기능을 하는 것이라고 생각 할 수 있다. 이러한 서열을 모티프(motif)라고 부른다. 분자생물학 분야에서는 어떤 생물의 유전체에서 이런 모티프를 찾는 일을 흔히 하는 것을 볼 수 있다.

모티프처럼 유사한 서열이 여러번이나 한 유전체에서 발견되는 경우도 있는데 이러한 서열을 repeat이라 부른다. Repeat은 랜덤으로 생겨난 서열이라기에는 정말 자주 발생하는 것을 확인할 수 있다. 인간 유전체에서 가장 흔한 repeat은 Alu repeat이라는 건데 이것은 300 bp 정도의 길이에 한 사람에게서 100만번 정도 발생하는 것으로 알려져 있다. 하지만 이러한 Alu repeat은 좋은 역할보다는 오히려 악영향을 끼치는 것으로 알려져 있는데 새로운 Alu repeat이 유전체에 삽입되었을 때 유전질환이 발생하는걸 흔히 볼 수 있다.

---

문제 (Finding a Motif in DNA)

DNA 서열 s와 s보다 길이가 짧은 t 서열이 주어진다. t가 s에서 몇번째 위치에 포함되어 있는지 모두 출력하시오.

예시

GATATATGCATATACTT
ATAT

예상 결과

2 4 10

 

해결

def dna_motif(seq, motif):
    ans = []
    # seq에서 motif 길이와 같은 서열을 모두 확인하기
    for i in range(len(seq)-len(motif)+1):
        if seq[i:i+len(motif)] == motif:
            ans.append(str(i+1))
    
    return ' '.join(ans)

with open('rosalind_subs.txt', 'r') as f:
    lines = f.readlines()

    print(dna_motif(lines[0].strip(), lines[1].strip()))