[ROSALIND] 단백질 서열에서 mRNA 서열 예측해보기

문제 설명

연구자들이 새로운 단백질을 발견했을 때 이 단백질이 어떤 mRNA 서열에서부터 번역된 것인지 알아야 유전체에서 이 단백질을 만드는 구간을 찾을 수 있기 때문에 단백질 서열로 mRNA 서열을 예측하는 것은 매우 중요한 일이다.

하지만 하나의 mRNA가 특정한 단백질로 번역되는 반면에 단백질에서 mRNA 서열을 알아내는건 경우의 수가 너무 많기 때문에 생각보다 힘든 일이다. 아래의 그림에 보이는 것처럼 하나의 아미노산은 여러 개의 codon이 될 수 있기 때문이다.

RNA codon 테이블

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문제

최대 길이가 1000개의 아미노산으로 이루어진 단백질 서열이 주어졌을 때 mRNA가 될 수 있는 경우의 수를 출력해야한다. 이 때, 파이썬에서 int가 가질 수 있는 가장 큰 값은 2,147,483,647 (2^31−1)이기 때문에 1,000,000으로 나눈 나머지 값을  대신 출력하시오.

예시

MA

예상 결과

12

 

해결

codon = {}
# 각 아미노산이 될 수 있는 codon 개수 저장하기
with open("aa_codon.txt", "r") as f:
    for line in f.readlines():
        aa = line.split()
        for i in range(0, len(aa), 2):
            if aa[i+1] in codon:
                codon[aa[i+1]] += 1
            else:
                codon[aa[i+1]] = 1

# 단백질 서열이 mRNA 서열이 될 수 있는 경우의 수 구하기
def rev_translation(protein):
    ans = 3
    for aa in protein:
        ans *= codon[aa]
    
    return ans

# 입력값 가져오기
with open('rosalind_mrna.txt', 'r') as f:
    print(rev_translation(f.readline().strip()) % 1000000)