본문 바로가기

🧬 Biology24

[ROSALIND] DNA 서열에서 motif 찾기 문제 설명 서로 다른 종의 유전체에서 공통적으로 가진 DNA 서열이 발견된다면 이 서열은 두 종에서 모두 비슷한 기능을 하는 것이라고 생각 할 수 있다. 이러한 서열을 모티프(motif)라고 부른다. 분자생물학 분야에서는 어떤 생물의 유전체에서 이런 모티프를 찾는 일을 흔히 하는 것을 볼 수 있다. 모티프처럼 유사한 서열이 여러번이나 한 유전체에서 발견되는 경우도 있는데 이러한 서열을 repeat이라 부른다. Repeat은 랜덤으로 생겨난 서열이라기에는 정말 자주 발생하는 것을 확인할 수 있다. 인간 유전체에서 가장 흔한 repeat은 Alu repeat이라는 건데 이것은 300 bp 정도의 길이에 한 사람에게서 100만번 정도 발생하는 것으로 알려져 있다. 하지만 이러한 Alu repeat은 좋은 역할.. 2023. 5. 28.

[ROSALIND] DNA의 인트론(intron) 영역 제거 후 단백질로 번역 문제 설명 DNA의 전사 과정(transcription)은 DNA의 일부를 RNA로 만드는 과정이다. 세포의 핵 내에서 RNA polymerase (RNAP)라는 RNA 중합효소가 DNA의 두 가닥 중 한 가닥을 템플릿(template strand)으로 사용해 상보적인 서열을 만든다. 이 때 A의 염기쌍으로 T 대신 U를 사용하고, 이렇게 완성된 서열을 precursor mRNA (pre-mRNA)라고 부른다. Pre-mRNA는 intron과 exon으로 구성되어 있는데 단백질로 번역되기 전에 intron 영역은 제거되고 exon 영역끼리 이어 붙은 서열을 mRNA라 부른다. 이러한 intron 제거 과정은 spliceosome이라 불리는 다양한 RNA와 단백질 구성이 실행시키며 이 과정을 splicin.. 2023. 5. 27.

[ROSALIND] 단백질 질량 구하기 문제 설명 단백질은 아미노산(amino acid)으로 이루어져 있다. 아미노산이 2개 합쳐질 때 peptide bond가 형성 되는데 이 때 물 분자(H2O) 하나가 빠지게 된다. 이렇게 여러 아미노산이 연결된 것을 polypeptide라 부르고, n개 아미노산이 연결되었다면 n-1개의 물 분자가 빠진 것이다. Polypeptide의 양쪽 끝에는 다른 아미노산과 결합되지 않았기 때문에 하나의 물 분자가 남아있다고 볼 수 있다. 즉, polypeptide의 질량는 각 residue(물 분자가 빠진 아미노산)의 개별 질량와 물 분자 1개(물 분자의 monoisotopic mass는 18.01056 Da이)의 질량으로 계산할 수 있다. 아미노산의 질량을 계산할 때 monoisotopic mass를 이용하는데 .. 2023. 5. 26.

[ROSALIND] DNA가 공유하는 motif 찾기 문제 설명 유전자(Gene)란 단백질로 번역될 수 있는 DNA의 영역을 얘기한다. 모티프(Motif)는 유전자의 기능과 관련있는 DNA의 작은 단위인데 모티프 서열은 잘 보존돼 있어 모티프를 통해 서로 다른 종 간의 DNA 유사성을 확인 할 수 있다. 이번 문제에서는 여러 DNA 서열들 간에 공유하고 있는 최대한 긴 모티프를 찾는 것이다(모티프가 길수록 공유하는 기능 또한 더 유사하다고 할 수 있기 때문이다!). 문제 (Finding a Shared Motif) 최대 100개의 DNA 서열( Rosalind_1 GATTACA >Rosalind_2 TAGACCA >Rosalind_3 ATACA 예상 결과 AC 해결 def find_kmers(seq, k): return sorted([seq[i:i+k] f.. 2023. 5. 25.

[ROSALIND] 단백질 motif 찾기 문제 설명 단백질은 기능적 단위인 단백질 도메인(protein domain)으로 이루어져 있다. 도메인마다 하나의 기능이 알려져 있고, 일반적으로 단백질은 여러 역할을하기 때문에 1개 이상의 도메인을 가지고 있다. 이렇게 같은 도메인을 가지고 있는 단백질들을 묶어서 유전자군(gene/protein family)라고 부른다. 단백질 도메인의 기능을 정의하는 더 작은 단위로 모티프(motif)가 존재한다. 모티프는 진화적 측면으로 봤을 때도 잘 보존되어 있기 때문에 다른 종 간에서도 유사한 모티프의 확인이 가능하다. 단백질 서열은 세계적으로 다양한 연구실에서 발견되고 온라인 상에서는 UniProt에 단백질 데이터가 쌓이고 있다. 여기서 단백질의 구체적인 서열, 기능, 도메인 구조, 단백질 번역 후 변형(po.. 2023. 5. 23.

정규표현식 Regular Expression Goal 1. 정규표현식이란? 2. 파이썬에서 정규표현식 쓰는 방법 알아보기 정규표현식이란? 정규표현식 (Regular expression)은 텍스트에서 패턴 찾기를 할 때 유용한 도구이다. 예를 들어 여러 RNA 서열 중 "AUG"가 포함 된 서열만 출력하고 싶다면 정규표현식을 써서 아주 간단하게 찾을 수 있다. 파이썬의 정규표현식 파이썬에서는 re 라는 라이브러리를 이용한다. re 모듈의 메서드 기능 예시 findall("패턴", 문자열) 패턴이 일치하는 모든걸 리스트 형태로 반환 import re rna = "AUGCCAUGCUGA" first_start = re.search("AUG", rna) print(first_start) # search("패턴", 문자열) 패턴이 일치하는 부분을 objec.. 2023. 5. 23.

URL로 FASTA 서열 가져오기 보호되어 있는 글 입니다. 2023. 5. 22.

[ROSALIND] 단백질 서열로 번역하기 문제 (풀어보기) RNA 서열이 주어졌을 때 단백질 서열로 번역하시오. 다만, RNA 서열은 항상 AUG로 시작하고 stop codon으로 끝나기 때문에 3 frame을 고려할 필요는 없다. 예시 AUGGCCAUGGCGCCCAGAACUGAGAUCAAUAGUACCCGUAUUAACGGGUGA 예상 결과 MAMAPRTEINSTRING 해결 codon = {} with open("aa_codon.txt", "r") as f: for line in f.readlines(): aa = line.split() for i in range(0, len(aa), 2): codon[aa[i]] = aa[i+1] def translation(rna): protein = '' for i in range(0, len(rna), .. 2023. 5. 14.

바이오마커란? Goal 1. 바이오마커가 의미하는게 뭔지 설명하기 2. 바이오마커의 종류 알아보기 바이오마커란? 사람의 상태에 대한 정보를 주는 것은 여러가지가 있다. 예를 들어, 코를 훌쩍이고 목이 아프다면 감기일 것이라고 예상할 수 있다. 이처럼 바이오마커란 사람의 상태 변화에 대해 정보를 주는 것 중에 우리몸에서 수치화 시킬 수 있는 분자적 물질, 특히 DNA, RNA, 단백질 같은걸 얘기한다. 위에서 말한거처럼 감기 같은 질병에 대한 상태 정보를 주기도 하지만 약물에 어떤 반응이 있는지를 측정하기 위해 사용하기도 한다. 특히 새로운 약물을 개발할 때 여러 검증 및 동물 시험을 하지만 실패율이 높은 이유는 약물의 효능과 부작용을 더 정확하게 알려줄 수 있는 좋은 바이오마커를 찾기 힘들기 때문이다. 바이오마커의 예.. 2023. 5. 10.

이전 1 2 3 다음

티스토리툴바